| 昭和42(1967)年6月 |
水産学部に附属水産実験所設置 |
| 昭和45(1970)年4月 |
大学院水産学研究科設置 |
| 昭和49(1974)年4月 |
大学院水産学研究科漁業学専攻，水産製造学専攻及び水産増殖学専攻を水産学専攻に改称
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| 昭和62(1987)年4月 |
大学院工学研究科に海洋生産開発学専攻を設置 |
| 昭和63(1988)年4月 |
大学院海洋生産科学研究科（後期３年博士課程）設置 |
| 昭和63(1988)年4月 |
大学院工学研究科海洋生産開発学専攻を大学院海洋生産科学研究科へ移行 |
| 昭和63(1988)年4月 |
海洋資源学専攻新設 |
| 平成9(1997)年4月 |
水産学部に附属海洋資源教育研究センター設置（附属水産実験所廃止） |
| 平成12(2000)年4月 |
大学院生産科学研究科（区分制博士課程）設置 |
| 平成13(2001)年4月 |
大学院生産科学研究科海洋生産開発学専攻及び海洋資源学専攻を海洋生産科学専攻及び物質科学専攻に改組 |
| 平成14(2002)年4月 |
大学院環境科学研究科設置
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| 平成16(2004)年4月 |
国立大学法（平成１５年法律第１１２号）により，国立大学法人長崎大学が長崎大学を設置
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| 平成16(2004)年4月 |
大学院生産科学研究科に環境共生政策学専攻及び環境保全設計学専攻（博士前期課程）並びに環境科学専攻（博士後期課程）設置
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| 平成17(2005)年4月 |
環東シナ海海洋環境資源研究センター設置（水産学部附属海洋資源教育研究センター廃止）
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| 平成18(2006)年2月 |
大学院海洋生産科学研究科廃止
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| 平成19(2007)年3月 |
大学院環境科学研究科廃止
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| 平成23(2011)年4月 |
大学院生産科学研究科を改組し、大学院工学研究科及び大学院水産・環境科学総合研究科を設置
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| 平成23(2011)年4月 |
環東シナ海海洋環境資源研究センターを改組し、大学院水産・環境科学総合研究科附属環東シナ海環境資源研究センターを設置
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| 平成28(2016)年4月 |
環東シナ海環境資源研究センターを海洋未来イノベーション機構に移行
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